Елена Аверина родилась в Юрге. В 1984 году окончила Кузбасский политехнический институт по специальности «Экономика и организация машиностроительной промышленности».
Трудовую деятельность начала в плановой комиссии Кемеровского облисполкома. Прошла путь от экономиста до начальника отдела главного экономического управления Администрации Кемеровской области.
С 1997 года работала в управлении компьютерных технологий обладминистрации, потом в областном департаменте экономического развития.
С 2010 года Елена Аверина была заместителем начальника департамента информационных технологий Кемеровской области. С марта 2016 года исполняла обязанности начальника этого департамента.
