Годы становления института прошли в Томске. Инициаторами его открытия были выдающиеся врачи и ученые - заслуженные деятели науки М. Г. Курлов, Н. И. Горизонтов, А. А. Колен, А. А. Боголенов, академик А. М. Мыш и др. В 1931 году вуз был переведен в Новосибирск, где работал до 1951 года. На базе ГИУВа в 1934 году был создан Новосибирский мединститут, ставший впоследствии крупным медицинским университетом. В 1951 году, после того, как медицинский институт прочно встал на ноги, ГИУВ был переведен в бурно развивающийся индустриальный город Сталинск (Новокузнецк).
Следует отметить, что еще до переезда многие ведущие ученые Новосибирского ГИДУВа многократно бывали в Кузбассе, консультируя больных, проводя выездные циклы усовершенствования врачей и научные исследования.
На Земле Кузнецкой произошло второе рождение НГИУВа. Первые пять лет институтом руководил профессор А. Н. Аравийский - известный специалист миколог, дерматовенеролог. В 1956 году вуз возглавил профессор С. Л. Старков, высококвалифицированный офтальмолог и организатор здравоохранения, прошедший войну и школу крупнейших офтальмологов страны.
Наряду с маститыми учеными «старой гвардии» появились и быстро проявили себя многие ученые и молодые преподаватели, прибывшие в Новокузнецк из других городов страны, а также выросшие в самом Новокузнецке. Появилась новая плеяда талантливых ученых, ставших докторами наук, профессорам - академик РАМН Ю. П. Никитин, заслуженные деятели науки Российской Федерации А. А. Луцик и И. Р. Шмидт.
Воспитанники вуза возглавили кафедры во многих городах страны. В 1984 году на пост ректора института назначен профессор А. А. Луцик. С 2007 года вуз возглавляет доктор медицинских наук, профессор А. В. Колбаско, прошедший путь от клинического ординатора НГИУВа до профессора и ректора.