По мнению следствия с июня 2006 г. по июль 2007 г. Маковкин организовал незаконное отчуждение муниципального имущества по заведомо заниженной цене. Он передал в качестве вклада в уставный капитал ОАО «Новокузнецкие электрические сети» муниципальное имущество (административно-хозяйственные здания, транспортные средства, сети электроснабжения и трансформаторные подстанции), оценив его в 129 млн. рублей. Реальная рыночная стоимость имущества составила более 394 млн. рублей. В результате действий председателя КУМИ бюджету г. Новокузнецка причинен ущерб около 265 млн. рублей.
Кроме того, Маковкин обвиняется в том, что в конце 2007 г. он дал указание эксперту оценить принадлежащий муниципалитету пакет акций ОАО «Новокузнецкая энергетическая компания» (ОАО «НЭК») по цене ниже их реальной стоимости – не более 150 млн. рублей. После ненадлежащей оценки пакет акций был продан за 151 млн. рублей. Рыночная стоимость ценных бумаг составила 870, 5 млн. рублей.
После утверждения обвинительного заключения уголовное дело направлено в суд для рассмотрения по существу.