Одним из желанных объектов промысла для кузбасских рыбаков стал в последнее время таймень. В прошлом году этой ценной рыбы в Кузбассе было выловлено почти 1,3 тонны, в основном - на лицензионных участках любительского и спортивного рыболовства, организованных на Томи, Верхней, Нижней и Средней Терси. При этом квоту на вылов, установленную Росрыболовством (2 тонны) в регионе не закрыли. Проводился лов тайменя и в научно-исследовательских целях - новосибирскими специалистами. Среди пойманных контрольных экземпляров попадались особи даже семилетнего возраста, ростом до 65 сантиметров. Каких-либо заболеваний тайменя, опасных для человека, в бассейне реки Томи в 2011 году выявлено не было. И учёные дают благоприятные экспертные оценки по дальнейшему поддержанию запасов тайменя в кузбасских водоёмах.
Среди других ценных пород в Томи сегодня встречается пелядь, муксун, стерлядь, осетр, хариус. А единственный вид, численность которого уменьшается, - это судак. Причина этого в обмеление реки, следствием чего стало исчезновение глубоких ям, где судак мог бы отстаиваться в зимний период.